为摸清紫薇的身份，太后特派晴儿与乾隆一行人微服出巡。行程中，晴儿意外邂逅了箫剑。永琪和小燕子几经波折最终收获爱情。蒙古公主塞娅相中了尔康，为了紫薇幸福，小燕子说出了紫薇的真实身世，乾隆大怒，小燕子与紫薇、金琐入狱，尔康等人在箫剑的暗助下劫囚，但因不舍班杰明和尔泰扛罪，选择回来面对乾隆。乾隆冷静思量之后原谅了小燕子并认了紫薇。塞娅此时和尔泰两情相悦，顺利完婚。紫薇、小燕子等人帮助皇上的爱妃——香妃逃出了皇宫，乾隆大怒欲将紫薇和小燕子斩首，劫囚大行动再次展开，班杰明、永琪、尔康、箫剑、柳青、柳红众人一起开始了浪迹天涯的逃亡命运。

　　第三部

　　《还珠格格之人儿何处归》

　　福尔康、永琪和班杰明的劫囚行动，乾隆发动侍卫围捕小燕子等人。在箫剑的领导下，小燕子等人一起迈入亡命天涯之途。紫薇在逃亡中，头部受创而失明。历经艰险大家终于重逢。尔康在与杀手搏斗时受重伤，紫薇因尔康受伤眼睛奇迹般复明。箫剑带着小燕子永琪班杰明到牧场务工，因与恶霸冲突引来追兵，众人只好继续往南阳逃亡。永琪难忍箫剑对小燕子的用心，迫使箫剑终于和小燕子相认。小燕子等人在南阳开了一家十全十美面馆。乾隆亲自到南阳欲迎接他们回宫，却爆乾隆是小燕子的杀父仇人事端，乾隆特派专人调查厘清误会。永琪因受愉妃召唤不得不与乾隆回宫，但小燕子却和箫剑、班杰明回到大理。小燕子苦守与永琪的两年约定，班杰明同样苦守着落单的小燕子，直到永琪和小燕子重逢的那一天，班杰明留下祝福，悄然的离开。

　　大结局揭秘　　外国人班杰明的加入也带来了很多新鲜的因素和剧情，除了英文外还有咖啡、巧克力等，围绕着巧克力还发生了一系列啼笑皆非的故事。

　　导演李平透露：“因为瑜妃不喜欢来自民间的小燕子，所以强行做主把温婉的欣荣格格许配给了五阿哥，但五阿哥爱的是小燕子，他不想辜负皇上和瑜妃，决定和妻子欣荣格格生下一子，留下后代，最后留言给皇上说明他无法为了江山而离开小燕子，随后追爱而去[1]!”结局让人倍感凄美。

　　对于这部电视剧，琼瑶可以说是爱不释手，她在博客中透露每一段片花都是她的最爱，而且她也很喜欢剧中的演员，觉得他们很可爱很懂事。据饰演尔康的李佳航告诉记者，琼瑶除了到现场探班，还经常打电话给剧中的演员，“她还曾叮嘱我别再变黑了，下次让何姐(何秀琼，琼瑶的儿媳妇，该剧的制作人)给我带面膜来敷一敷”。

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