在“间接统治”和“皇民化”两派的激烈争论中，日本政府最后采用了综合两者意见的“渐进政策”，即统治台湾的最终目标是将台湾人同化为日本人的“皇民化”，但这个过程非常漫长，在目前主要采用“间接统治”方针。正如当时的台湾总督儿玉源太郎所说：“将新领土之民培养成为真正忠义的皇民，是我们努力的目标。但要经过二世纪的时间，台湾民族的固有性质也许才会有明显的变化……” 可见当时日本预计的台湾“皇民化”，准备花百年以上的漫长时间。

　　“皇民化”的最关键问题就是教育问题，但当时日本并没有积极在台湾推行日本语教育，这主要是经费困难。如果在台湾推行象日本本土那样的无偿初等教育，所需要的费用太大。当时日本采用了英国的殖民地教育方针，只培养少量懂得日本语的本地人作为下层官吏，将大部分台湾人作为简单的体力劳动者使用。当时的台湾民政长官后藤新平说：“台湾教育的方针是建立公立学校，普及国语（指日本语）教育，但这是一个漫长的过程，需要三代人的时间。一代人按25年算需要75年，一代人按30年算则需要90年……”

　　日本占领台湾后，在台湾建立了一些公立学校进行初等教育，但由于这些公立学校要缴纳学费，所以公立学校的入学率很低。到1908年，公立学校的入学率尚不到 5％。当时的公立学校中不仅教授国语（指日本语），也同时教授汉文（指中国语）。直到后来“皇民化”政策占主导地位以后，台湾的公立学校才取消了汉文教育。

　　总而言之，日本统治台湾初期的方针政策，是以英国的殖民地政策为蓝本的“间接统治”政策。除了剪辫子穿洋服等外，并没有对台湾居民的生活方式加以过多干涉。但这种早期的“间接统治”政策，后来被激进的“皇民化”政策取代，使日本的台湾统治政策走向了另外一条道路。

　　二、台湾临时法案

　　日本在1895年得到台湾后，面临的最重大问题之一就是关于台湾地位的立法。关于台湾的立法，不仅是考验日本刚刚建立起来的三权分立民主体制，而且还关系到日本与欧美各国谈判“治外法权”，即所谓领事裁判权问题。

　　1853年日本对欧美诸国“开国”后，被迫与各国列强签订了不平等的“治外法权”条约。外国人在日本犯法后，日本无权对外国犯人进行审判，而是由外国领事代为审判。这种领事裁判权的不平等条约和中国当时的情况完全一样，但日本解决领事裁判权的方法却和中国完全不同。中国人认为欧美各国在中国的领事裁判权是毫无道理的、粗暴干涉中国内政的不平等条约，中国人试图用赶走外国人的方法来解决领事裁判权。

　　日本人却接受了欧美国家的观点，承认只有在三权分立民主体制下的法院，才可能进行真正公正的判决。所以日本人承认欧美列强在日本的领事裁判权是有道理的，认为外国犯人拒绝日本旧司法体制的审判是可以理解的。日本解决领事裁判权的方法是在日本建立与欧美国家一样的三权分立司法体制，那么欧美国家就没有借口坚持领事裁判权了。1889年日本建立起欧美式三权分立的司法体制后，就开始与欧美各国谈判终止领事裁判权，最后欧美各国于1899年同意终止在日本的领事裁判权，承认日本法院有权审理外国人案件。

　　1896年2月伊藤博文内阁起草了一份“台湾法案”送交国会讨论。“台湾法案” 的主要内容是：

　　1〕 台湾的政治体制与日本本土不同，日本宪法在台湾仅一部分适用。

　　2〕 台湾的行政结构由台湾总督和台湾居民组成的评议会构成。

　　3〕 台湾总督是台湾的最高指导者，台湾总督由内阁总理任命，由帝国议会批准。

　　4〕 台湾总督具有“事实法权”，即台湾总督的命令等同于法律。

　　5〕 台湾总督的命令要经由台湾评议会审议通过，但在紧急情况下可以不经过评议会而直接发布命令。

　　伊藤内阁的“台湾法案”遭到了日本民权派议员们的强烈反对，主要反对意见集中在台湾总督具有掌管一切的独裁特权。在民权派的反对下，伊藤内阁将“台湾法案”改为“临时法案”，结果帝国议会通过了有效期为三年的“台湾临时法案”，即所谓的“六三”法案〔明治29年第63号法案〕。

　　“六三”法案的根本精神按照今天的话来讲就是“一国两制”，将台湾作为日本的一个特别行政区，实施与日本本土完全不同的政治制度。“六三”法案和今天的 “香港基本法”可谓一脉相承。但它有巨大的弊端，这就是一个国家中两种政治体制下生活的人民，无法进行自由地交往，因而使两种制度下人民之间的隔阂越来越大，人为制造了国家分裂的根源。

　　虽然1896年日本帝国议会通过了总督独裁的“六三”法案，但台湾的现状并没有明显改变。日本在台湾的统治只是靠军事独裁来维持，而用于台湾统治的费用却象滚雪球一样逐步膨胀。台湾的状况直到第四代总督儿玉源太郎和民政长官后藤新平上任后，才发生了明显的变化。

　　三、后藤新平的台湾独裁

　　1898年2月第四代总督儿玉源太郎和民政长官后藤新平上任，后藤新平成为台湾的实际统治者。儿玉和后藤到任后，重新检讨了前任总督的问题，制定了一系列新政策。儿玉和后藤治理台湾的基本思想是：台湾的汉族人内心非常刚愎自用，用民主的方法很难使他们心服。对台湾人实施民权只会增加他们对日本官政的反抗，所以必须使用严厉的“法制”来治理台湾。

　　后藤新平说：“粗野幼稚的当地人民无法理解民权思想，日本国内的文明刑法、民法在台湾不能通用。在台湾以实施建立在‘当地传统习惯’基础上的法制为宜”。后藤新平以“尊重当地传统习惯”为由，恢复了一些清政府时代的旧制度，比如居民相互监督的保甲连坐制度（10户为1甲，10甲为1保）；对犯人进行鞭挞的体罚等等。这些刑法都明显地违反当时日本本土实行的“文明刑法”。

　　后藤新平还特别制定了对付抗日武装的“匪徒惩罚令”。1895年4月清政府签约将台湾割让给日本后，台湾居民成立了“台湾民主国”义勇军，对日本军进行了顽强的抵抗。但清政府和欧美列强都没有对“台湾民主国”进行任何支援，1895年 10月日军占领了台湾的所有大城镇，抗日义勇军退入深山，但日军一直未能将其彻底剿灭。后藤新平颁布的“匪徒惩罚令”，宣布对抗日武装的首领和教唆者可以不经审判立即处死。严酷的“匪徒惩罚令”和犯罪连坐的保甲制度，使日军于1902年彻底消灭了山岳地区的抗日武装。