为了改善台湾的财政情况，后藤新平推行了食盐、烟草、樟脑、鸦片等专卖制度，使台湾总督府的财政情况大为好转。尽管鸦片在日本国内明文禁止买卖，但后藤以“尊重当地传统习惯”为由，对台湾人吸食鸦片实行了“渐禁”政策，鸦片专卖成为台湾总督府的一大财政来源。后藤新平在拒绝向台湾引进西方式“精神文明”民主主义的同时，却积极向台湾引进西方式“物质文明”。后藤动用巨资在台湾兴建铁路、港口，大搞城市基本建设，发行台湾货币，建立以制糖业为中心的近代工业，大大推动了台湾经济的发展。到1905年，台湾终于实现了经济独立，台湾总督府不再向日本政府申请行政辅助金。
1899年总督独裁的“六三”临时法案到期，台湾总督儿玉源太郎和民政长官后藤新平以台湾的抗日武装尚未完全剿灭为由，说服国会将“六三”临时法案的有效期延长三年。1902年“六三”临时法案延长到期后，儿玉和后藤又以台湾政局尚未完全稳定为由，又说服国会将“六三”临时法案的有效期再次延长三年。直到 1906年儿玉和后藤离任后，日本议会才通过了新的台湾法案，即“三一”法案（明治39年第31号法案）。
台湾在1898年到1906年的8年期间，是所谓的“后藤独裁”期间。在这期间后藤新平拒绝日本政府对台湾“内政”进行干涉，把台湾搞成半独立的独裁王国。当时台湾人虽然害怕后藤，但并不尊敬后藤，台湾民间把后藤新平形象地称为“土皇帝”。
日本对台湾朝鲜的统治、英国对印度香港的统治、以及其它欧美列强的殖民统治，都有一个共同点：只向殖民地引进西方“物质文明”的科学技术，却不向殖民地引进西方“精神文明”的民主人权。到香港回归时，香港人已享有不低于英国本土的物质生活水平，但香港人却不享有英国人早在100多年前就享有的参政选举权。如果台湾今天还在日本的统治下，台湾人的物质生活水平很可能比现在更高，但恐怕不会享有今天台湾人所具有的参政选举权。
西方国家拒绝向殖民地引进西方“精神文明”的民主人权思想，其原因其实非常简单：如果给予殖民地人民参政选举的人权，他们就要选择独立或自治的道路。要保持宗主国对殖民地的主权、保持对殖民地人民的异族统治，就必须剥夺殖民地人民的人权。这也暴露出西方近代民主人权的两重性。
四、从“不法”的武装抵抗到“合法”的民族运动
在异民族的殖民统治下，被统治民族的文化被破坏，政治被压迫，经济被榨取，出现抵制和反抗是必然之事。台湾人一开始是以武装暴动的方式对日本的统治进行抵抗，但到1915年，活动于山岳地带的武装游击队完全被日军剿灭，此后台湾人开始以“合法”的方式进行抵抗。
最早组织进行“合法抵抗”的政治团体是1914年林献堂等人创立的“台湾同化会”，不久后在日本的台湾留学生中间又成立了“启发会”，“启发会”后来演变为“新民会”。1920年，“新民会”创办了中文月刊《台湾青年》，这是台湾人最早创办的政论杂志。1923年4月《台湾青年》改为半月刊的《台湾民报》，1932年4月改为日报《台湾新民报》。
“新民会”的最初宗旨是谋求台湾的自治，但“新民会”会长林献堂考虑到完全的自治要求，势必会引起日本的强烈反应，引来严苛的镇压，对台湾人的民族解放反而产生负面影响。所以“新民会”的政治运动重点，就放在争取台湾人的参政权上，要求日本政府给予台湾人和日本人一样的平等待遇。当时台湾人不仅没有参政权，经济上也处于被歧视的地位，在台湾从事同样工作的日本人的工资，比台湾人高2倍以上。“新民会”通过《台湾青年》等刊物，掀起了要求废止“六三法” 等对台湾人歧视的法律，要求建立“台湾议会”，允许台湾人参政。从1921年到 1934年，“新民会”一共发起了15次“台湾议会设置请愿运动”，向日本帝国议会提交了请愿书。
面对台湾的“合法”民族运动，日本政界处于十分尴尬的境地。按照日本宪法规定的民权原则，剥夺台湾人的参政权是明显的违宪行为。当时日本不少学者和民主派的政界人士，也积极支持台湾人的“民权运动”。1921年第一次请愿运动后，日本总督府虽然没有同意建立“台湾议会”，但设置了一个“台湾总督府评议会”，特聘林献堂等八名新民会骨干为“评议员”，对总督的政务进行监督评议。日本原想以“御用文人”的高官厚碌方式，来收买林献堂等人，使他们自愿停止民权运动。但林献堂并不买总督府的帐，依然积极参与民权运动，所以1922年台湾总督府罢免了林献堂的“评议员”职务。
1927年，林献堂、蔡培火、蔡渭水等人，建立了台湾历史上第一个合法的政党“台湾民众党”。1928年，台湾又成立了非合法的“台湾共产党”。因为当时台湾是日本的殖民地，台湾共产党在组织上作为日本共产党的一个支部。台湾共产党奉行极左路线，提出全面否认日本的殖民统治，建立“台湾共和国”的奋斗纲领。 1931年6月日本警察逮捕了台湾共产党的骨干分子，此后台湾共产党的活动趋于停止。
1931年以前，台湾人利用日本的民主体制，进行了合法的民族解放运动。1924 年蔡渭水等人在请愿时，以扰乱治安罪被警察逮捕。台湾人和一部分支持台湾民权运动的日本人，在法庭上进行了大规模的法庭斗争，取得了很大的成功。最后日本法院释放了大部分被捕者，对蔡渭水等首领只判了4个月的象征性监禁。但1931 年“九一八”事变后，中国成为日本的敌人。由于台湾人具有中国人血统，台湾总督府在“九一八”事变后，发表了禁止建党结社的命令，台湾人“合法”的民权运动到此划上了句号。
自从中国割让台湾给日本后，台湾人就开始了争取民权、争取自治的运动，这些运动也是现在“台独”运动的前身。当时的日本殖民政府对台湾人的非暴力民权独立运动，采取了比较宽容的态度，一些日本人甚至支持台湾的自治运动。这与后来国民党政府对“台独”的严厉镇压形成了很大的反差，这也是今天台湾人比较亲日的一个原因。
五、皇民化运动
在后藤新平统治时代，后藤对台湾人的教育采取非常消极的态度。后藤认为“教育是一把两面剑”，对于日本的殖民统治来说，具有高知识水平的台湾人并不是什么好事。所以后藤主张在台湾只进行很有限的教育。
但“九一八”事变后，日本人害怕具有中国血统的台湾人，同情和支持中国的抗战，开始积极推行“皇民化”运动。“九一八”事变后，日本一改过去对台湾的 “愚民政策”，开始在台湾积极普及教育和推广日本语。1930年台湾的学龄儿童入学率不到30％，1938年猛增为50％，1943年更增加到92％。1930年台湾懂日语的人不到10％，1937年猛增为40％，1944年更增加到70％。
